我开了一个淘宝店，后来又开了公司，这两者彼此是没有关系的，以后公司报税做账，该怎么处理财务问题

两个都需要独立报税、记账，当然两个执照打理的事肯定多，如果用不上，可以考虑注销一个，留一个用就行了。也省不少费用。
最简单直接的处理:找专业的代理公司。花钱不多、省心。