食品流通许可证年检逾期怎么办

要先注销然后重新申请。原则上讲你的食品流通许可证到期后继续经营食品，就构成了未经许可经营食品的行为，食品药品监督管理部门依法可以对你进行处罚，建议你及时向食品药品监督管理部门书面说明原因，申请减免罚款，毕竟你没有主观恶意行为。
《食品流通许可证管理办法》第二十二条 食品流通许可的有效期为3年。
食品经营者需要延续食品流通许可的有效期的，应当在《食品流通许可证》有效期届满三十日前向原许可机关提出申请，换发《食品流通许可证》。
办理许可证延续的，换发后的《食品流通许可证》编号不变，但发证年份按照实际情况填写，有效期重新计算。
第三十二条 县级及其以上地方食品药品监督管理机关应当对食品经营者建立信用档案，记录许可颁发、日常监督检查结果、违法行为查处等情况。
对食品经营者从事食品经营活动进行监督检查时，食品药品监督管理机关应当将监督检查的情况和处理结果予以记录，由监督检查人员和食品经营者签字确认后归档。
食品药品监督管理机关在办理企业年检、个体工商户验照时，应当按照企业年检、个体工商户验照的有关规定，审查《食品流通许可证》是否被撤销、吊销或者有效期限届满。对《食品流通许可证》被撤销、吊销或者有效期限届满的，登记机关按照有关规定，责令其办理经营范围的变更登记或者注销登记。
第三十六条 食品经营者在营业执照有效期内被依法注销、撤销、吊销食品流通许可，或者《食品流通许可证》有效期届满的，应当在注销、撤销、吊销许可或者许可证有效期届满之日起三十日内申请变更登记或者办理注销登记。