5个工作日。根据查询《医疗器械监督管理条例》得知，医疗器械经营许可证网上申请注销需要工作人员对提交的材料进行审核，自受理之日起5个工作日内作出注销决定。医疗器械经营许可证是医疗器械经营企业必须具备的证件，开办第二类医疗器械经营企业，应当向省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门备案。
哪种情形下原发证部门不会依法注销医疗器械经营许可证
下列情形下原发证部门不会依法注销医疗器械经营许可证：
1. 医疗器械经营企业终止经营或者依法关闭的。
2. 《医疗器械经营企业许可证》被依法撤销、撤回、吊销、收回或者宣布无效的。
3. 不可抗力导致医疗器械经营企业无法正常经营的。
4. 法律、法规规定应当注销《医疗器械经营企业许可证》的其他情形。
如果需要注销医疗器械经营许可证，可以向原发证部门申请，并提交相关材料。
（一）《医疗器械经营企业许可证》有效期届满未申请或者未获准换证的；
（二）医疗器械经营企业终止经营或者依法关闭的；
（三）《医疗器械经营企业许可证》被依法撤销、撤回、吊销、收回或者宣布无效的；
（四）不可抗力导致医疗器械经营企业无法正常经营的；
（五）法律、法规规定应当注销《医疗器械经营企业许可证》的其他情形。
医疗器械许可证过期会自动注销吗
会的，以下情况会自动注销：1、医疗器械经营企业因不可抗力不能正常经营的。2、医疗器械进行企业对于违反相关法律政策法规的规定，对医疗器械信息安全生产事故隐患不采取有效措施予以消除的、责令改正的，可以处以罚款，情节发展严重的，责令停业整顿，降低我国医疗器械资质等级制度或者吊销资质证书，构成一个犯罪的，依法追究刑事责任。3、医疗器械企业经营管理许可证被依法撤销、吊销或者政府宣布无效。4、医疗器械经营许可证有效期满未申请延期的或者未换证的。5、医疗器械经营企业进行转让、出借医疗器械资质或者以其他方式允许他人以本企业的名义经营医疗器械的，没收违法所得并处以罚款，情节严重者吊销资质证书。6、医疗器械经营企业终止经营或者依法关闭企业7、法律政策法规进行规定的应当吊销医疗器械的其他社会情形。
法律依据：
《医疗器械经营企业许可证管理办法》第三十一条有效期满未申请的，按规定注销其经营许可证。
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