当然可以。
关键的问题是搞清软件著作权与专利权的含义区别：软件作品完成后，不论是否进行计算机软件著作权登记，著作权就依法产生了。为了取得明确的证据，防止日后的纠纷，可以申请软件著作权登记。专利权需要申请才能授予。
计算机程序具有作品性质，它的代码表达就受到著作权法的保护。著作权并不保护“构想”本身，只保护“形式”。
发明专利申请：1、涉及自动化技术处理过程的发明专利申请；2、涉及计算机内部运行性能改进的发明专利申请；3、涉及测量或测计算机程序试过程的发明专利申请等。这些程序与有关产品设备、计算机或测量装置等结合在一起形成完整的技术方案，是可予授予专利权的。
计算机程序要独立完成，独创性，只要是独创的作品，不论其是否与已发表的作品相似，均可获得独立的著作权。而专利权只授予先申请人，要求新颖性，创造性等。
如果有一个软件系统先申请了软件著作权，可以申请专利，虽然软件著作权先申请，但是软件系统的技术核心，构想，模型等没有公开等。申请专利的话，软件著作权的申请不会有丧失新颖性的问题，因为没有新颖性而言，只有独创性。
软件怎么申请专利?
把握时机
当发明的想法在头脑中刚一成形，即使这时还没有成功，申请人就该记录这个发明的内容了，一旦完成了发明，要立即判断哪些内容可以申请专利保护。在专利检索的基础上进行评估，最好能获得执业专利代理人的帮助。由于我国采用先申请制，因此在评估之后尽快将专利申请提交到专利局是至关重要的，同样的发明内容只授予一份专利权，该权利属于最先申请的人。申请之前应严格保密，方式因公开造成新颖性丧失。
撰写专利申请文件
申请人通常会聘请执业专利代理人帮助进行专利申请，双方签署委托协议后一般由申请人提供专利交底材料，代理人根据交底材料的内容进行文件撰写。专利申请文件包括说明书、权利要求书、说明书附图、说明书摘要等，其中权利要求书是确定专利保护范围的法律性文件，其他文件对发明做详尽的披露并对权利要求书的保护范围给予文字和实质上的支持。
专利检索
接下来， 申请人需要进行全面的专利查新检索，其范围不仅涉及中国专利，还包括中国的科研论文、国外专利文献和公开出版物等。如果都没有检索到与发明内容相同或者相近的现有技术，则可以考虑尽快申请专利。一般，执业的专利代理人能够为申请人提供有价值的参考信息。
国家知识产权局的网站上和文献馆里保存了上百万件的专利文献，各个国家专利部门的网站上也开通了免费的专利数据库供公众查询使用。
电脑检索还不够充分
机检方式在很多时候帮上了大忙，但这也不是万无一失的。依据使用的数据库、使用者的检索经验和语言水平，会有不同的检索结果，有时也会遗漏重要信息，例如关键的图片或者化学结构式。
另外，如果使用者不了解如何利用网上的资源并且缺乏对法律规定的“新颖性”“创造性”的理解，他将无从对检索结果作出正确的判断。因此，最好还是委托国家知识产权局专利局进行检索，那里拥有国内最全面的各种数据库资源，检索人员一般都是专利审查员，具有丰富的检索经验和较好的外语能力。由于专利局给出的检索报告不做分析，申请人最好委托执业专利代理人帮助进行判断和分析。
专利申请过程
检索结束后，发明人就可以判断是否需要进行申请了。专利申请被受理后将暂时保持在一种法律结果不确定的状态，也可以称为“专利审理中”状态，根据专利类型和发明内容的不同，这个时间一般会持续1－3年，直到专利申请被授权或者驳回。
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