子公司变更股权转让的流程是：股东会形成决议，法定代表人签署相关的文件，再到有关机关办理变更登记即可公司转让变更。股权转让实质上是在公司内部产生的一种民事法律关系，股权转让合同签订后，是否办理变更登记，属于合同履行问题。 一、子公司变更股权转让的流程是什么？
1、公司法定代表人签署、公司盖章的《公司变更登记申请书》公司转让变更。
2、《指定代表或者共同委托代理人的证明》(公司加盖公章);及指定代表或委托代理人的身份证复印件(本人签字)。
3、原股东会决议。全体老股东盖章或签字，自然人股东签字，自然人以外的股东盖章。
4、股权转让协议书。转让双方签署，自然人签字，自然人以外的盖章。
5、股权向公司股东以外转让的，还应提交新股东会(股权转让后的股东)决议。全体新股东盖章或签字，自然人股东签字，自然人以外的股东盖章。
6、章程修正案或修改后的章程。修正案须写明修改后完整内容;公司法定代表人签字。
二、股权转让有哪些风险？
1、公司负债风险
2、债务转让法律风险
(1)既有债务转让中的法律风险
受让人需要全面了解既有债务的数额，是否设定了担保，利率以违约责任，债权人有无限制权利要求等，此类债务是否为不良债务等。
(2)隐性债务转让中的法律风险
对于无法预计的负债，如果在股权转让协议预定的期限内发生，并且发生实际权利人的追索，该类责任或风险首先应当由目标公司承担，由此引发的股份转让的风险负担应当由股份转让协议约定。
(3)隐瞒债务转让中的法律风险
对于出让方故意隐瞒真相，没有真实、全面、及时地向受让方批露既有负债或潜在负债的，属于违反信息批露义务的行为，违反了出让方有关公司债务的陈述与保证义务。
三、股权转让要交哪些税？
主要有三种：印花税、个人所得税、企业所得税。
1、印花税
股权转让要签股权转让合同或协议，而法规规定交易合同是需要贴花缴纳印花税的;印花税是对签订股权转让合同的双方征收的，双方都需要缴印花税;
2、增值税
实务中，最常见的股权转让是个人或企业作为持股主体，转让自己持有的未上市企业(公司与合伙企业)的股权，而这几种情况都不属于增值税征收范围(如下图圈红);
3、企业所得税
股权转让的税收中，增值税针对上市公司，印花税是小头。
股权转让是股东行使股权经常而普遍的方式，对于公司本身而言，股权的转让也是十分重要的事项，因此必须遵循法定的流程，股权是投资人投资公司而享有的权利，来源于投资人对投资财产的所有权，是可以进行转让的。
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