“三证合一”或“五证合一”后，存量纳税人营业执照(税务登记)发生变更，需要到工商部门办理变更手续。工商部门将收缴原税务登记证，同时核发“一证一码”营业执照，换发后，证照号码将从15位升位到18位，因此，纳税人还需要前往不同部门，办理涉及更换税务登记证号码的事项：
变更税务登记号
取得“一照一码”登记证（照）的纳税人应及时到税务机关进行确认和变更。
由于有许多纳税人有税控设备，为了保证税控设备与税务登记号的一致性，所以纳税人五证合一换号后，国税部门不会自动变为新号，而需要纳税人到国税办理税务登记号变更。目前在国税没有申请过任何发票的企业可以用一证通方式登录网上办税厅进行税务登记号变更。而在国税有过票种核定的企业则只能到国税办税服务厅办理税务登记号变更。
纳税人来办税服务厅办理变号
在申报完税后，一证通用户应先在网厅撤销三方协议后携带以下资料：
经办人身份证
税务登记变更表
营业执照原件、复印件
金税盘（税控盘）
《注销发行登记表》（盖公章）
无发票的纳税人在网厅办理变号
用一证通登录网上办税服务厅选中税务登记模块点击“三证(五证)合一变更”后，点击“我要提报一个新申请”，点击填表，手动添加新社会信用代码时注意确保与新的营业执照上的社会信用代码保持一致，一定注意区分大小写，注意不要有空格，点击“添加附件”上传附件（一定要上传新的营业执照副本原件彩照，分支机构需要同时上传总机构的营业执照副本原件彩照），受理完成并通过后，经办人手机将收到短信通知。
银行信息变更，重新签署“税银联网三方协议”
开设银行账户时按规定要登记税务登记证号，号码升位后，应终止旧的“税库银三方协议”，再按照新的18位号重新签署新的“税库银三方协议”，为方便纳税人，用原15位号登录网厅可直接撤销协议。登记号变更后，一证通也变更后则可以直接在网厅签署电子三方协议。现在北京银行和工商银行都已经实现电子签署三方，连银行都不用跑了。
有些企业变更登记号后原三方协议仍然生效，是因为企业在银行内留的税务登记号未变更，但当银行内的税务登记号变更，则必须重新签署三方协议。企业变更登记号后则不能在网厅直接撤销三方，需要到办税服务厅领取撤销三方协议才能办理。
重新刻制“发票专用章”
发票专用章中要求刻入税务登记证号，号码升位后，纳税人要及时申请刻制印章。另外，有些单位其他印章也可能涉及税号变化，如合同专用章，请务必及时更换。
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