专项审计是相对而言的，一般只就某一方面进行审计，例如专项资金审计．
专项资金审计如何确定被审计单位
观察和检查程序可以印证对管理层和其他相关人员的
询问结果，并可提供有关被审计单位及其环境的信息，注册会计师应
当实施下列观察和检查程序：
（一）观察被审计单位的生产经营活动；
（二）检查文件、记录和内部控制手册；
（三）阅读由管理层和治理层编制的报告；
（四）实地察看被审计单位的生产经营场所和设备；
（五）追踪交易在财务报告信息系统中的处理过程（穿行测试）。
二、专项资金审计是审计机关对专项资金收支的真实性、合法性和效益性进行的监督活动。专项资金审计只对某项资金的收支活动进行审查，一般不需要涉及被审计单位的其他财政财务收支活动
三、专项资金审计的流程
1.根据年度审计工作计划，确定审计项目；
2.开展审前调查，编制审计工作方案和审计实施方案，组成审计组，并于实施审计3日前向被审计单位送达审计通知书；
3.测试评价内部控制，确定实质性测试范围，根据审计目标确定审计的步骤和方法，收集审计证据，并编制审计工作底稿；
4.审计组提出审计报告，经审计组长审核、按照规定的程序审批后，征求被审计单位意见（被审计单位收到审计报告之日起10日内提出书面意见）；
5.审计组将征求意见后的审计报告连同被审计单位对审计报告的书面意见、审计实施方案、审计工作底稿、审计证据等，报分管领导审核；
6.审计组拟定审计报告等相关审计文书，经审计组组长或分管领导审核后，报送法制部门审理；
7.主要领导主持召开审定审计项目审理委员会（局委会），对审计报告及相关审计资料进行审理，形成审理业务会议纪要、审计报告或审计决定；
8.向被审计单位和有关单位出具审计报告、审计决定书等文件。
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