专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
二．企业及项目基本情况
1．企业基本情况，包括：公司名称、注册日期、营业执照颁发机构、注册号码、注册资本，法定代表人、公司住所，经营范围。
2．简述项目情况。
三．基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
四．合同执行期间项目各项经济指标完成情况
1．资金到位情况
2．资金支出情况
3．项目各项经济指标完成情况
1）项目实现销售收入情况（按年度分列）
2）项目成本情况
3）项目缴纳税金情况
4）项目应承担的期间费用
5）项目实现利润
五．报告附注
1、会计政策注释。
2、企业适用税种及税率。
3．主要财务指标注释。
建设项目跟踪审计的内容
建设项目跟踪审计分为开工前审计、施工期审计、竣工结算审计和财务决算审计。 开工前审计是指对项目程序的合法合规性、投资概算的真实合理性进行的审计。 主要包括下列内容：
（1）年度建设计划和项目进度计划。
（2）扩大初步设计的依据和设计方案的论证、总概算的编制、审批等情况。
（3）规划许可审批手续等情况。
（4）建设资金来源和落实情况。
（5）施工图纸设计面积和装修标准及有关部门审批情况。
（6）招标投标程序、招标文件内容及标底编制程序等情况。
（7）招标工程标底和工程量计价清单。
（8）施工合同订立情况。
（9）施工场地及施工用水、电、路等必备条件落实情况。
（10）与建设项目立项有关的其它情况。 施工期间审计是指审计部门在工程施工期间对工程管理、施工进度、工程材料、变更洽商等事项的审计。主要包括下列内容：
（1）内部控制制度的建立和执行情况。
（2）建设工期和施工进度及资金、材料到位情况。（3）隐蔽工程验收记录、施工进度月报情况。
（4）主要设备材料订购、保管、使用等管理情况。
（5）设计、技术、材料等变更洽商情况。
（6）与工程施工期间管理有关的其它情况。 竣工结算审计是指审计部门对工程竣工后各项工程最终造价的审计。主要包括下列内容：
（1）工程结算编制的依据。
（2）工程量及主要材料用量、价格、人工费、材料费、机械使用费、定额套用等情况。
（3）各项综合取费基数、取费率等情况。
（4）招标工程标底和工程量计价清单的执行情况。
（5）对施工单位的工程拨款和材料、设备价格控制等情况。
（6）与工程竣工结算有关的其它情况。 财务决算审计是指审计部门对建设项目全部投资认定情况的审计。 主要包括下列内容：
（1）批准的设计方案和工程实际竣工情况。
（2）竣工验收和遗留问题的处置情况。
（3）建筑安装工程投资、设备投资、待摊投资和其它投资的完成额以及交付使用资产结转情况。
（4）竣工决算报表的真实、合规和完整情况。
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