高新认定专项审计与普通审计在目标、内容、标准与要求上存在显著区别。
目标方面，高新认定专项审计旨在评估企业是否符合高新技术企业认定的法律法规与政策要求，确保企业具备高新技术企业的资格。相反，普通审计则聚焦于财务报表的真实、准确与合规性。
内容上，高新认定专项审计着重于企业的技术创新能力、研发投入与技术转让等，对技术创新项目与研发费用支出进行重点审核。而普通审计则更侧重于财务数据、内部控制与合规性等方面的评估。
标准上，高新认定专项审计参照《高新技术企业认定管理办法》等规定执行，依据相关标准进行审核。相比之下，普通审计遵循国家及国际通用的审计准则与标准，如中国注册会计师审计准则。
要求方面，高新认定专项审计要求审计师具备专业知识与经验，熟悉高新技术企业认定的具体规定与执行要求。同时，普通审计对审计师的专业知识与经验也有相应要求，但更侧重于财务与会计领域的知识与经验。
高新技术企业认定中，哪些是需要专门的审计部门出具的？
《高新技术企业认定专项审计指引》：本指引所称高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受申报企业委托，对其最近三个会计年度（实际经营不满三年的按实际经营年限）的研究开发费用结构明细表和最近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。本指引所称申报明细表，是指在适用的会计准则和相关会计制度框架下，申报企业根据《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定编制的研究开发费用结构明细表和高新技术产品（服务）收入明细表及有关编制说明。申报明细表是以申报企业个别财务报表相关数据为基础编制的。 本指引所称研究开发活动，是指为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的活动。
本指引所称研究开发项目，是指不重复的，具有独立时间、财务安排和人员配置的研究开发活动。
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