这里看你这个问题是被哪个级别的审计单位给审计出来的，如果是学校内的，那么看你们学校财务主管部门的意见，他们说行就行，如果是被更高级别的审计部分查出来，就需要看要求如果进行整改了，也是主要通过你们学校的财务部门和科研部门与他们进行沟通，上一级同意了才可以。
研发费用与专项审计不一致如何调整
审计如果不认可，可以把研发费用调整到管理费下的非研发经费，或者不做账务处理，即调表不调账。
科研经费的管理新规
2011年9月14日， 财政部、科技部日前发出《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》，就调整课题经费开支范围，强化预算编制和评估评审要求，加强资金拨付和结存结余经费的管理等问题作出新的规定。
调整课题经费开支范围方面，建立课题间接成本补偿机制，将课题经费分为直接费用和间接费用。间接费用使用分段超额累退比例法计算并实行总额控制，按照不超过课题经费中直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，具体比例如下：500万元及以下部分不超过20%；超过500万元至1000万元的部分不超过13%；超过1000万元的部分不超过10%。间接费用中绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
强化预算编制和评估评审要求方面，课题申请单位应科学、合理、真实地编制课题经费预算。课题直接费用各项支出不得简单按比例编列。课题经费预算评估评审中，不得简单化地按比例核减课题直接费用预算。建立健全课题经费预算评估评审的沟通反馈机制。
《通知》提出，财政部正式批复部门预算前可以从1月1日起按“二上”预算数的1/4支付课题预算经费。课题结余经费应当按原渠道收回科技部或相关主管部门，由科技部或相关主管部门按照财政部关于财政拨款结转和结余资金管理的有关规定执行。同时，对非涉密课题预算安排情况进行公示，接受社会监督；逐步探索建立课题绩效情况公示制度；积极推进对违规使用科研经费的行为进行公开。
2015年12月，国家统计局等部门发布《2014年全国科技经费投入统计公报》，我国已成为仅次于美国的第二大科技经费投入大国，但研发投入效益差距很大，主要体现在科研成果转化率。《公报》数据显示，2014年中国研发经费投入总量为13015.6亿元。
国家发改委高技术司副巡视员孟宪棠：我们研发人员的全职当量全世界第一，相当于美国的两倍多、俄罗斯的四倍多，这些表明我们已经进入科技大国行列。
最多的人力，世界第二的财力，“科技大国”的评价算得上当之无愧。但与发达国家比较，中国研发投入的效益还有待进一步提升。谈到这一点，不少人都会直接想到屡现报端的买假发票套取科研经费等现象。然而，相比于管理漏洞造成的经费“跑冒滴漏”，更加影响研发投入效益的，则是科研成果转化率的不足。2013年，原发改委副主任张晓强表示，我国科技成果转化率仅为10%，而发达国家的这一比例在40%以上。对此，孟宪棠表示应促进更了解市场需求的企业的科研投入，而这已经体现在了国务院发布的《创新驱动发展若干意见》当中。
孟宪棠：这两年我们随着科研投入的不断增加，发明专利的申请量全世界第一，科技论文的数量全世界第二。但这些只有通过企业才能真正对经济发展产生贡献，短板来看，恰恰在企业。
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